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FFPE樣本蛋白定量分析
FFPE樣本是指利用甲醛固定-石蠟包埋（formalin-fixed paraffin-embedded, FFPE）法處理的組織樣本，在常溫下可穩定儲存數十年，是組織病理學分析的金標準。FFPE樣本數量龐大，據估計已儲存了5億個FFPE癌組織，且這個數字還在迅速增加。同時FFPE樣本包含了長期、詳細的臨床隨訪信息，如臨床病程、治療反應、復發和存活情況等。隨時可得的大量樣本和詳盡信息為研究疾病的分子機制、檢測潛在的生物標志物及發現新的生物標志物等提供了寶貴的資源。
基于FFPE樣本開展差異蛋白質組學研究，可以充分利用罕見疾病或腫瘤等樣本，發現與疾病診斷、分型、預后及治療密切相關的標志物。目前已經有黑色素瘤、惡性外周神經鞘膜瘤、卵巢癌、膀胱癌、尿道癌等疾病采用FFPE樣本進行了研究。
FFPE樣本蛋白質組定量分析針對FFPE樣本提取全蛋白，利用DIA技術對其蛋白質組進行定性和定量分析，從而達到研究生物體內蛋白質組動態變化與機體表型改變之間關系的目的。
產品優勢
- 更低起始量：只需要1片FFPE切片；
- 與傳統DDA label-free相比，更高蛋白鑒定深度，更高重現性、重復性；
- 樣本數量不受限制，可以應用于大規模樣本檢測；
- 技術領先：國內唯一參與DIA測評及建立大隊列DIA標準的企業。
產品應用
- 疾病機理、生物標志物及分子分型研究
罕見疾病
稀有癌癥
跟蹤多年的特定疾病變化
- 醫藥研究
藥物靶標篩選
藥物機理
技術路線
圖 FFPE樣本蛋白定量技術流程
信息分析（同蛋白DIA定量分析）
1、 卵巢癌化學敏感性介質和免疫治療靶標篩選研究
Proteomics?Identifies?CT45?as?a?Chemosensitivity?Mediator?and?Immunotherapy?Target?in?Ovarian?Cancer.?Cell.?2018
背景：
大多數高級別漿液性卵巢癌（HGSOC）患者會對鉑類化療產生耐藥性并復發，但有15%的患者在10年內為復發。為了發現長期生存的驅動因素，該研究從FFPE腫瘤樣本中定量分析鉑耐藥和敏感的HGSOC患者蛋白質組。
實驗設計：
發現階段：25名未接受化療的晚期HGSOC患者的FFPE腫瘤樣本，采用Label-Free定量技術對其進行蛋白質組學定量分析。
驗證階段：免疫組化（3例代表性患者的腫瘤切片），組織芯片（124例晚期樣本）、基于TCGA?284例RNA數據做生存曲線。在CT45和用卡鉑處理的載體對照組OVCAR-5細胞上進行磷酸蛋白質組學分析。
圖?研究流程
主要結果：
1）發現患者組總體蛋白質組變化很少。而在化學藥物敏感和化學藥物耐藥患者的比較中，發現CT45在化學藥物敏感患者中表達顯著差異，CT45表達高的患者與無CT45表達的患者相比，無病生存期得到延長。
2）在細胞系的磷酸化蛋白組學與蛋白互作組學分析發現CT45與DNA損傷通路的關聯性，并與PP4磷酸酶復合物可直接作用。體外實驗證明了CT45調控PP4活性，利用CT45的上調表達增加DNA損傷水平與對卡鉑的敏感性。
3）進一步采用免疫肽段組學實驗證實了源自CT45的HLA?class?l肽段，能夠激活患者體內毒性T細胞，促進了對腫瘤細胞的吞噬。
2、? 腫瘤遷移中腫瘤基質關鍵調控機制研究
Proteomics reveals NNMT as a master metabolic regulator of cancer-associated fibroblasts. Nature. 2019
背景：
大多數高級別漿液性卵巢癌（HGSOC）患者會對鉑類化療產生耐藥性并復發，隨著對卵巢癌研究的日益加深，研究者逐漸將卵巢癌轉移成因的研究目光轉移到卵巢癌及其附近基質微環境的關系上。
實驗設計：
發現階段：對11例HGSC患者的漿液性輸卵管原位腫瘤、侵襲性輸卵管病變、浸潤性卵巢病變和網膜轉移四種部位，每個部位均對腫瘤和基質區進行顯微切割。
驗證階段：免疫組化(IHC)實驗證明了NNMT在HGSC患者的轉移瘤基質中高度表達、基因沉默及敲除、構建HGSC轉移模型。
圖?研究流程
主要結果：
1）比較腫瘤與基質蛋白水平，發現了大量已知的HGSC蛋白標志物，如PAX8,?MSLN,?MUC16等；同時，比較原發性腫瘤與轉移瘤組織蛋白質組學數據，在轉移瘤組織中發現一個已報道的網膜轉移標志物FABP4；隨后比較原發瘤基質與轉移瘤基質的蛋白表達水平，其中顯著上下調的蛋白分別有21與41種，且大部分如FAP，LOX，TNC以及VCAN等與TCGA數據庫中的相關信息一致。
2）通過RNAi抑制NNMT表達后應用RNA-seq實驗發現了CAF中大量基因的表達水平發生了改變。
3）進一步分析了腫瘤基質細胞中組蛋白甲基化修飾的情況，發現敲除NNMT能夠增強部分組蛋白位點的甲基化修飾水平。
4）構建HGSC轉移模型，將過表達NNMT的成纖維細胞的培養基對小鼠卵巢癌細胞ID8進行處理后注射到小鼠體內，發現NNMT過表達的組別相較于對照組有顯著的腫瘤網膜轉移表型。而如果用NNMT抑制劑治療后，能夠降低卵巢癌的增殖與轉移，且在分子層面能夠明顯看到組蛋白修飾位點H3K4以及H3K27甲基化水平發生變化。同時，研究還比較了患者腫瘤基質組織中NNMT表達水平，發現基質NNMT表達水平低的患者相較于基質中NNMT表達水平高的患者有更好的存活率。
同蛋白DIA定量分析
Q1：長期保存的病理蠟塊或者病理切片能用來分析嗎？
A1：建議最好使用一年以內的病理蠟塊或者病理切片；時間過長的樣本，建議先送部分幾例進行預實驗，以便對樣本進行評估。
Q2：冰凍標本和石蠟標本結果有多大差異？
A2：石蠟樣本相對于液氮保存/凍存樣本，蛋白降解的可能性更大。但冰凍標本和石蠟標本具體結果差別有多大，還要看石蠟標本保存的情況。
