- 首頁 ＞ 蛋白定量+磷酸化蛋白定量關聯分析
蛋白定量+磷酸化蛋白定量關聯分析
單一的磷酸化蛋白質組學只能研究蛋白磷酸化水平的科學問題，隨著大量磷酸化蛋白質組與定量蛋白質組關聯分析的高水平研究文章的發表（肺腺癌、糖尿病、肝癌靶點研究、子宮內膜癌、擬南芥），定量蛋白質組+磷酸化蛋白質組作為新晉“黃金搭檔”助力更深入的調控和分子機制研究。蛋白組學和磷酸化蛋白組學雙管齊下，可以多維度高深度解析生物反應機制，更精準定位主導調控作用。
產品優勢
產品應用
- 疾病早期診斷
- 疾病進展監測
- 指導分子靶向治療
- 藥物作用評價
- 分子分型研究
- 動植物生長發育研究
- 植物抗逆性研究
分析流程
針對人和小鼠，還提供磷酸化率分析、配體-受體蛋白調控分析、激酶-底物分析、轉錄因子-靶蛋白調控分析等蛋白信號調控分析。
1、蛋白質組和磷酸化蛋白質組學研究前列腺癌患者的診斷生物標志物
Synergistically Bifunctional Paramagnetic Separation Enables Efficient Isolation of Urine Extracellular Vesicles and Downstream Phosphoproteomic Analysis. ACS Appl Mater Interfaces. 2021.
背景：
尿液、血液等體液容易獲取且無創，是臨床上用于疾病診斷的主要樣品類型。本文選取尿液樣品，對前列腺癌篩查和早期診斷生物標志物進行了研究。
實驗設計：
利用10例前列腺癌患者和10例健康人的尿液樣本進行蛋白質組學和磷酸化蛋白質組學
主要結果：
1）蛋白質組學分析鑒定到3,302個蛋白；
2）磷酸化蛋白質組學分析鑒定到3,233條磷酸化肽段和1,098個磷酸化蛋白；
3）與健康對照組比較，發現前列腺癌組中有121種磷酸化蛋白上調，103種磷酸化蛋白下調。GO分析發現上調的磷酸化蛋白參與的生物學過程包括信號轉導、蛋白質磷酸化；分子功能則與蛋白激酶活性有關。KEGG通路分析發現這些磷酸化蛋白主要參與PI3K-Akt/AMPK信號通路、前列腺癌通路等。
圖1 前列腺癌尿液EVs磷酸化蛋白質組學分析
2、SARS-CoV-2感染的磷酸化蛋白質組學分析
The?Global?Phosphorylation?Landscape?of?SARS-CoV-2?Infection.?Cell.?2020.
背景：
COVID-19大流行的病原體——SARS-CoV-2已經在全世界感染了數百萬人，導致數十萬人死亡，迫切需要開發抗病毒療法。
實驗設計：
利用非洲綠猴腎上皮Vero?E6和表達ACE2的人肺上皮細胞系A549細胞，基于賽默飛Exploris?480質譜儀進行DIA蛋白質組學和DIA磷酸化蛋白質組學分析。
主要結果：
1）共鑒定到4,624個磷酸化修飾位點和3,036個蛋白質，發現相比于蛋白質的豐度變化，蛋白質的磷酸化修飾水平在不同時間點之間呈現更為顯著的改變；
2）SARS-CoV-2感染促進了酪蛋白激酶II?(CK2)和p38?MAP激酶的激活、多種細胞因子的產生和有絲分裂激酶的關閉，導致細胞周期阻滯；
3）發現p38、CK2、CDKs、AXL和PIKFYVE激酶的藥理抑制具有抗病毒功效，為未來COVID-19治療方法提供新的思路。
圖2 17SARS-CoV-2感染的磷酸化蛋白質組學分析
主要關聯分析結果展示
適用數據類型
要求用于關聯分析的兩組學的樣本數據一一對應（即用于關聯分析的兩組學的樣本來自于相同的生物學重復個體）。
推薦分組：
對照組、處理組；
對照組、不同時期處理組；
對照組、模型組、處理組；
以上基礎上根據實際項目情況增加其他分組，如不同治療方法/時期、疾病不同階段等。
推薦生物學重復數：
對于以人或動物模型為樣本的疾病領域研究，推薦每組生物學重復30例，至少3例；
對于動植物抗性、育種等領域研究，推薦每組生物學重復10例，至少3例；
以上生物學重復為推薦數目，具體請綜合實際項目情況確定。
根據整體樣品數目和研究對象分別選擇對應的蛋白質組學和磷酸化蛋白質組學對應技術，需要注意對于有關聯分析需求的項目，蛋白質組學和磷酸化蛋白質組學需要選擇相同技術。如磷酸化蛋白質組學選擇4D-DIA磷酸化蛋白定量技術，那么常規蛋白質組學也應選擇4D-DIA蛋白定量技術。
Q1：蛋白質組+磷酸化蛋白質組組關聯分析對用于采集數據的樣本有限制嗎？
A1：從分析的角度出發，對實驗設計以及樣本沒有前置要求；一般來說，采集數據前就需要考慮到數據是否能解釋生物現象，所以需要客戶前期進行合理的實驗設計，一般建議用于關聯分析的兩組學數據來源于相同的生物學重復的個體。
Q2：兩批次或者多批次是否可以進行關聯分析？
A2：只要保證批次設置的一致性，就可以進行分析。
Q3：分析過程中差異倍數的選擇一般是？
A3：可設置任意數值，一般默認使用1.2/1.5/2。
