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微量樣本蛋白定量分析
微量蛋白質組，是指對小細胞群（<5,000個細胞）進行定量的蛋白質組學分析，可以揭示罕見細胞群、難以獲得的臨床標本和病理組織的細胞異質性等關鍵信息。能夠有效解決傳統蛋白質組定量技術在早期胚胎發育、干細胞、癌癥、免疫等研究領域中存在的樣品量極低或細胞異質性的問題，是單細胞水平研究蛋白質含量變化的重要工具，極大地拓展了蛋白質組應用范圍。
微量樣品蛋白定量產品對微量樣本采用原位裂解的方式提取蛋白質，通過數據非依賴性采集（data independent acquisition，DIA）模式對蛋白質酶解肽段進行質譜數據采集，隨后利用MaxQuant軟件對微量樣本進行蛋白質組鑒定、定量。
產品優勢
產品應用
技術路線
信息分析
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信息分析條款 |
信息分析內容 |
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標準信息分析 |
標準信息分析內容 1. 數據產出統計 2. 蛋白質鑒定結果 3. 蛋白質定量結果 4. 蛋白質GO分析 5. 蛋白質COG/KOG分析 6. 蛋白質Pathway代謝通路分析 7. 差異蛋白的GO富集分析 8. 差異蛋白的Pathway富集分析 9. 重復性分析（僅針對設計了重復的實驗） 10.多樣品間表達模式聚類（三個或三個以上樣品可提供） 11. 差異表達蛋白互作分析 12. 差異表達蛋白亞細胞定位 |
1、 循環CD34+細胞的單細胞蛋白圖譜解析
A?simple,?rapid,?and?practical?method?for?single-cell?proteomics?based?on?mass-adaptive?coating?of?synthetic?peptides.?
Science?Bulletin.?2022.
背景：
蛋白質是細胞結構與功能的基本單位，是生命活動的直接執行者，單細胞蛋白質圖譜的獲取對于解析生命過程至關重要。然而單個細胞的蛋白質含量極低且無法擴增。樣品制備、適配抗體以及儀器靈敏度的限制導致單細胞蛋白質組學的檢測仍極具挑戰。
圖1 研究流程
實驗設計：
研究采集了健康人與冠狀動脈慢性完全閉塞（CTO）患者的外周血，分離循環CD34+細胞，利用簡便、快速的Mad-CASP技術，從單細胞維度進行蛋白質組學分析
主要結果：
1）首次在單細胞蛋白質層面揭示循環CD34+細胞的異質性，發現3個功能迥異的主要亞群。與傳統觀點認為循環CD34+細胞有助于血管功能不同，研究者發現一個CD34+?CD47+雙陽性亞群實際上促進CTO中的血管損傷，提示了循環CD34+細胞在CTO中的“雙刃劍”作用。
2）進一步結合公共數據庫與生物信息學分析，發現一個關鍵的藥物靶點-乙醛脫氫酶2僅在發揮血管形成（vasculogenesis）和血管新生（angiogenesis）功能的CTO-1亞群中低表達，提示乙醛脫氫酶2（ALDH2）激動劑在CTO治療中的潛在作用。而作為對比的bulk蛋白組分析（2,000個CD34+細胞），則無法發現上述關鍵信息，提示了Mad-CASP技術對于研究細胞精準功能的重要意義。
2、 單細胞蛋白質組學用于細胞分級研究
Quantitative?single-cell?proteomics?as?a?tool?to?characterize?cellular?hierarchies.?Nature?communications.?2021
背景：
蛋白質是細胞的重要組成部分，可以通過酶活性、翻譯后修飾或蛋白質降解/水解等，在蛋白質水平上解讀細胞機制，從而獲得更多的知識。檢測單細胞中的蛋白質首先是通過抗體為基礎的技術，如Western?blot或流式細胞術；然而，這些方法依賴于高質量抗體的可用性，且通量有限。
實驗設計：
圖2 實驗流程
主要結果：
1）開發一個原發性白血病模型系統。
2）建立了以質譜為檢測平臺的高通量單細胞蛋白質組學分析工具。
3）開發了一個計算工作流(SCeptre)，提出能否集成可用的FACS數據，并促進下游分析，為在全球范圍內實施單細胞蛋白質組學研究奠定了基礎。
結果展示
微量樣本送樣量：
類型 | 送樣量 |
哺乳動物細胞 | >100個細胞 |
卵細胞或早期胚胎細胞 | >5個 |
注意事項：樣本置于200μl的低吸附PCR管中，并加入體積不超過5μl的1X PBS溶液。-20℃或-80℃凍存，加干冰寄送。送樣時請告知樣品類型，細胞數目，溶液和溶液體積。
Q1：質控方式？
A1：對于微量樣本，由于樣本量少，無法提供蛋白定量及膠條檢測結果。但在整個實驗過程中會采用質控細胞系平行操作，監控整個實驗操作過程。
Q2：低吸附管是否有推薦的品牌？
A2：可采購AXYGEN 0.2ml 透明平蓋低吸附PCR管，貨號：PCR-02-L-C。
Q3：細胞分選時候遇到死細胞，會否對后續實驗有影響？
A3：在分選前可以先過濾掉死細胞。分選過程造成細胞死亡的這類，無法剔除，分選后盡快將細胞凍存在-20℃，避免細胞破裂。
