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Dr. Tom RNA

優勢一:測一得“三”
相比于常規的mRNA轉錄組測序,全轉錄組闡釋生物學問題更全面、更清晰。但是全轉錄組測序結果數據復雜,到底怎么分析?或者因為樣品特殊,只測序了mRNA或者Small?RNA,能否通過信息分析拉取出和已知結果有互作關系的其他類型RNA呢?沒問題!這些Dr. Tom都可以幫您完成。

圖1? 選中目的基因,點擊關聯轉換,即可根據互作關系或者位置關系查看所有與所選基因相關聯的其他RNA,并可通過多種小工具,一鍵可視化互作關系。
優勢二:多數據庫聯合分析,定向數據調取
除了常見的NCBI數據庫之外,Dr.Tom?2.0還新增了TCGA、ARCHS4等多數據庫聯合分析,深度挖掘數據,拉取目的基因在腫瘤或常規組織中的表達情況,為后續分析方向提供更多可能。
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圖2?在任意基因表格中通過擴展列-外部數據庫-在TCGA,ARCHS4數據庫中調取感興趣的方向,選取后即可在表格中看到基因在外部數據庫中的表達情況。
優勢三:告別查閱,一鍵讀取基因&文獻詳情
挑選出目的基因,注釋和功能是什么?和其他哪些基因有互作?GO、Pathway功能是什么?又有哪些文獻支持?在Dr.Tom?2.0中,一鍵點擊即可拉取所有信息。

圖3? 點擊感興趣的基因即可直接進入基因詳情頁,可以直接獲取基因的注釋鏈接,序列,表達情況,關聯以及已經研究發表的文獻列表,文獻直接點擊即可進入閱讀界面。

圖4? 在基因互作圖界面,直接點擊兩個基因之間的連接線,即可彈出支持互作關系的文獻列表,一鍵點擊即可進入閱讀界面。
優勢四:多維度數據展示,低分到高分思維轉變
在高分文章中,多維度的圖片展示已經成為不可或缺的一環,比如在常規熱圖中,經常出現需要展示某一類熱圖功能是什么。如果可以在同一張圖中體現第三維度的繪圖,就可直接展現同樣表達量聚類的基因歸屬于何種功能。這一點,同樣可以在Dr.Tom 2.0系統中輕松實現。

圖5? 多維度的作圖在多個圖表中都可以展示,圖例在表達量聚類中,點擊右上角的設置,即可添加多個內容作為縱向/橫向分類,在常規的熱圖基礎上,增加第三維度的分類信息,直接點擊分類信息后左邊的基因表格也會切換到對應內容。
優勢五:自定義模塊,更個性化的數據處理單
舊項目數據也想一起分析?沒問題,可自定義上傳同一參考基因組版本的其他定量數據,使用豐富的小工具模塊自己分析。除此之外,還可以針對目的基因的特征,重新定義基因分類,更加個性化地整合單項目研究重點。

圖6?用戶根據系統上給出的表格格式,填寫好基因信息,并一鍵上傳,即可調用系統上多個小工具進行數據分析。
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