- 首頁 ＞ 蛋白定量+糖基化蛋白定量關聯分析
蛋白定量+糖基化蛋白定量關聯分析
產品介紹
信號通路是指細胞內或細胞間通過特定的信號分子傳遞信息的過程。這些信號分子可以是激素、神經遞質、細胞因子等。信號通路在細胞的生長、分化、代謝、凋亡等生理過程中起著至關重要的作用。了解信號通路有助于揭示細胞和組織的基本生物學機制，助力發現新的藥物靶點，促進再生醫學和組織工程等新興領域的發展等。總之，信號通路的研究不僅有助于生命基本規律的理解，還具有重要的臨床應用價值。
信號通路示意圖
如圖所示，生物體內的信號傳遞過程始于配體分子將外界信號通過受體傳遞至細胞內。隨后，細胞通過一系列信號傳遞途徑對外界刺激作出響應。
這些響應包括通過糖酶-底物作用實現蛋白的糖基化，以及通過激酶-底物作用實現蛋白的磷酸化。細胞響應同時涉及基因表達的調控，這主要通過轉錄因子-靶基因的相互作用來完成。
蛋白信號調控分析可以探索出每個蛋白下游的完整信息調控路徑，從而幫助科學家們更全面地理解細胞內外信號傳遞的完整過程。這對于理解疾病的發生發展、生物體發育、細胞周期以及逆境適應等生命現象都具有重要的參考價值。
蛋白定量+糖基化蛋白定量關聯分析，可以對參與信號通路的蛋白質和糖基化蛋白質進行相關研究。
產品優勢
- N-連接完整糖肽蛋白質組學：與N-連接完整糖肽解析軟件StrucGP（西北大學孫士生教授課題組2021年發表于Nature Methods）強強聯合，不依賴于數據庫，真正實現糖結構解析，可同時獲得糖鏈結構、糖基化修飾肽段及糖鏈和糖基化位點的對應關系，并可通過標記定量技術實現對N-連接完整糖肽的精確定量。
- 不同于傳統基于表達量層面的關聯分析，提供真正功能層面的關聯分析，全方位助力蛋白信號網絡研究。
分析內容
通過整合CellChat、CAZy等經典數據庫，深入分析配體-受體、糖酶-糖結構等關系，提供糖基化率分析、配體-受體蛋白調控分析、糖酶-糖結構分析以及蛋白信號調控等分析。
胰腺導管腺癌細胞信號傳導機制研究
Clinical functional proteomics of intercellular signalling in pancreatic cancer. Nature. 2025.
背景：
胰腺導管腺癌（PDAC）作為預后不佳的惡性腫瘤，其特征性腫瘤微環境（TME）顯著影響疾病進展及治療效果。當前可用治療方案的臨床療效有限，這主要源于我們對PDAC中癌細胞與基質細胞間分子信號網絡的理解尚不充分。
實驗設計：
- 樣本收集：收集人類胰腺組織及血漿樣本，并通過基因工程PDAC小鼠模型進行驗證。
- 蛋白質組學分析：運用TMEPro策略對糖基化和質膜蛋白組進行深度分析，鑒定差異表達蛋白。
- 空間和時間分辨率分析：利用PDAC小鼠模型，追蹤不同時間點的腫瘤進展，分析細胞類型特異性蛋白組。
- 信號傳導通路分析：結合pTyr肽富集和免疫沉淀技術，解析酪氨酸磷酸化介導的信號傳導通路。
蛋白質組學和糖基化蛋白質組學實驗流程
主要結果：
1. 細胞間S-PM蛋白組全景圖：鑒定出2,741個S-PM蛋白、6,181個非冗余N-糖基化位點和80個新的N-糖蛋白，覆蓋了預測S-PM蛋白組的半數以上。
2. 空間蛋白組：在PDAC TME中鑒定出1,000多個差異表達蛋白質，這些蛋白質在腫瘤和正常組織間呈現漸變性變化。
3. 細胞類型特異性蛋白組：通過空間蛋白組學分析，確定了癌細胞和基質細胞特異性蛋白組。研究發現基質細胞富集ECM和蛋白酶活性相關蛋白，而癌細胞則富集轉運蛋白。
4. 細胞間信號傳導：鑒定出424個受體，其中54%的配體和受體在腫瘤中同步上調，揭示了它們在PDAC TME中的潛在重要功能。
5. pTyr介導的信號激活：利用Photo-pTyr-scaffold方法，鑒定出464個PM蛋白、51個pTyr寫入者、94個pTyr讀取者和46個pTyr擦除者。
6. 信號傳導網絡組裝和驗證：系統整合多維蛋白質組學數據集，鑒定出148對配體-受體相互作用和1,672條信號傳導軸。
7. PM蛋白的通用脫落機制：通過生物信息學分析，鑒定出22個在腫瘤組織中顯著脫落的PM蛋白，其中AXL表現出最顯著的脫落現象。
8. AXL信號傳導的額外維度：通過PRM分析，發現AXL及其配體GAS6在腫瘤中呈現高水平脫落，且這種脫落與淋巴結轉移呈正相關。
1、適用數據類型
要求用于關聯分析的兩組學的樣本數據一一對應（即用于關聯分析的兩組學的樣本來自于相同的生物學重復個體）。蛋白定量可以是DIA蛋白定量，也可以是TMT標記定量；糖基化蛋白定量需要N-連接完整糖肽蛋白質組數據。
2、重復次數要求
以人或動物模型為樣本的疾病領域研究，推薦每組生物學重復30例，至少3例。
Q1：常規的糖基化蛋白質組可以做這個關聯分析么？
A1：不可以，常規糖基化蛋白質組缺少糖鏈結構信息，無法執行此關聯分析。
Q2：任何物種都可以開展此項分析么？
A2：該分析的實現需要使用多個數據庫，如配體-受體數據庫CellChat，糖酶-糖結構數據庫CAZy。這兩類數據庫主要是針對人和小鼠的數據庫，因此該分析目前主要針對人和小鼠這兩種物種開展。
