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細菌重測序
產品概述
? ? ? ? ? 基因組重測序是對已知的基因組進行測序，并對個體或者群體樣品進行分析的研究。細菌重測序能夠分析近源菌種之間的單核苷酸多態性（SNP）、插入（Insertion）、缺失（Deletion）等基因組變異類型。可以為篩查菌株的優良性狀，菌株抗藥性等研究提供指導與依據。
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產品優勢
性價比高：低價獲得100× coverage 的全基因組數據
附加值高：數據挖掘推薦，數據交付6個月內，提供免費的項目咨詢服務
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研究內容
數據處理
1. 去除接頭污染和低質量數據
2. 產出數據及質控統計
標準信息分析
1. 比較基因組分析（參考基因組同源性比較、SNP/InDel、物種進化分析）
定制化分析
可結合客戶的需求，協商確定信息分析內容
案例一：鼠疫桿菌遺傳多樣性研究
Historical variations in mutation rate in an epidemic pathogen, Yersinia pestis
期刊：PNAS 發表時間：2013
案例描述：
鼠疫（plague）是鼠疫桿菌（Yersinia pestis,Y pestis）借鼠蚤傳播為主的烈性傳染病，是廣泛流行于野生嚙齒動物間的一種自然疫源性疾病，也叫做黑死病。臨床上表現為發熱、嚴重毒血癥癥狀、淋巴結腫大、肺炎、出血傾向等。鼠疫在世界歷史上曾有多次大流行，在3個有記載的大流行期間導致了大約2億人死亡，因此被冠上"最具毀滅性傳染病"的名頭。三次大流行第一次發生在公元6世紀，從地中海地區傳入歐洲，死亡近1億人；第二次發生在14世紀，波及歐洲、亞洲和非洲；第三次是18世紀，傳播32個國家。14世紀大流行時波及中國。鼠疫桿菌是鼠疫的病原體，過去的研究表明其由于起源較近，遺傳多樣性非常有限。
結果分析：
- SNP突變率分析
鑒定出的2,326個單核苷酸多態性（SNPs）中有2,298個SNPs，在進化譜系中僅出現過一次，并根據此構建了MSTree。
2. 鼠疫傳播路徑分析
系統進化樹分析結果表明鼠疫起源于中國的青藏高原，其傳播途徑類似于古代絲綢之路及茶馬古道的線路，表明鼠疫的傳播與人類活動密切相關。
Genome sequencing of 161 Mycobacterium tuberculosis isolates from China identifies genes and intergenic regions associated with drug resistance
期刊：Nature Genetics 發表時間：2013
材料與背景：
中國12個省份的161株結核分枝桿菌（其中44株敏感菌，94株多耐藥菌，23株泛耐藥菌）
結果分析：
- 通過本項研究，獲得了我國臨床耐藥結核分枝桿菌中已知耐藥相關基因的突變情況，新發現了與結核分枝桿菌耐藥性相關的72個編碼基因和28個基因間隔區的突變；
- 中國地區的結核病人主要受到lineage 2 和lineage 4兩系結核分枝桿菌的侵染，而且，其中95%的lineage 2 結核分枝桿菌屬于國際上比較關注的北京家族。北京家族的結核分枝桿菌一直被認為有更強的毒性和更容易產生耐藥性。
圖1. 結核分枝桿菌系統進化分析。從中國12個省份中收集的161結核分枝桿菌的進化分析圖。其中，灰色菌株名代表以前公布過的結核分枝桿菌株，藍色菌株名代表敏感結核分枝桿菌株，黑色菌株名代表多耐藥（MDR）結核分枝桿菌株，粉紅色菌株名代表廣泛耐藥（XDR）結核分枝桿菌株。
DNA樣本
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樣本類型 |
總量 |
濃度 |
完整性（膠圖） |
純度 |
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基因組DNA |
1 μg |
12.5 ng/μl |
主峰＞20Kb |
無蛋白，RNA/鹽離子等污染，樣本無色透明不粘稠 |
