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真菌重測序
產(chǎn)品概述
基因組重測序是對已知的基因組進行測序，并對個體或者群體樣品進行分析。真菌重測序可以輔助研究者發(fā)現(xiàn)真菌單核苷酸多態(tài)性位點（SNPs）、插入（Insertion）、缺失（Deletion）等變異類型，將單個參考基因組信息擴增為生物群體的遺傳特征。通過雙末端（Paired-End）測序，檢測基因序列間的位點差異和結(jié)構(gòu)變異，在全基因組水平上解釋導致性狀差異的原因。
產(chǎn)品優(yōu)勢
高性價比：低價獲得50× coverage 的全基因組數(shù)據(jù)
優(yōu)質(zhì)服務(wù)：豐富的項目經(jīng)驗，提供全面準確的基因組解析結(jié)果
產(chǎn)品應(yīng)用
病原真菌致病因子分析
食用/藥用真菌功能基因挖掘
群體進化研究
案例一：基因組+轉(zhuǎn)錄組研究稻瘟病菌98-06新的致病元件，揭示基因組進化的動態(tài)過程
Global Genome and Transcriptome Analyses of Magnaporthe oryzae Epidemic Isolate 98-06 Uncover Novel Effectors and Pathogenicity-Related Genes, Revealing Gene Gain and Lose Dynamics in Genome Evolution. （PLoS Pathog. 2015）
? ? ? ?通過基因組和轉(zhuǎn)錄組對水稻敏感病原稻瘟病菌98-06進行研究，發(fā)現(xiàn)與參考菌株70-15相比，該菌株有1.4Mb的特異性基因序列。全基因組表達譜測序發(fā)現(xiàn)134個效應(yīng)因子，其中兩個效應(yīng)因子Iug6和Iug9以及一個新的致病性相關(guān)基因產(chǎn)物Iug18是主要功能相關(guān)因子。研究發(fā)現(xiàn)Iug6和Iug9存在于BIC（biotrophic interfacial complex），這兩個基因的過量表達會抑制水稻相關(guān)抗性基因表達。該研究在一定程度上支持了“孤立基因是病原基因多樣性來源”的假設(shè)，同時也為更深入的研究稻瘟病菌的效應(yīng)因子和致病基因變異提供依據(jù)。
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圖1. 98-06和70-15基因組比較
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圖2. 稻瘟病菌感染后不同時間水稻不同信號通路基因表達譜
圖3. RNA-seq檢測不同稻瘟病菌致病基因及元件表達情況
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案例二：高雜合、高重復的小麥條繡真菌基因組研究
High genome heterozygosity and endemic genetic recombination in the wheat stripe rust fungus.（ Nat Commun. 2013 ）
? ? ? 小麥條銹病是一種危害嚴重的農(nóng)作物疾病，本研究選擇小麥條銹病的病原菌小麥條銹菌Pst（Puccinia striiformis f. sp. tritici） isolate CY32進行測序，通過”fosmid-to-fosmid”測序組裝得到110Mb的基因圖譜，并對其物種進化和致病機理進行研究。研究發(fā)現(xiàn)Pst是高度雜合基因組，包含25,288個蛋白編碼基因。與條件致病菌相比，Pst具有更多的基因元件，編碼更多的分泌蛋白。對6株來自不同地區(qū)的菌株進行重測序結(jié)果發(fā)現(xiàn)Pst具有較高的基因多樣性，在基因編碼區(qū)發(fā)現(xiàn)約35%的SNPs，其中有一半為非同義突變。該研究采用 ”fosmid-to-fosmid” 策略得到了較好的雙核基因組組裝結(jié)果，并對病原菌物種進化及致病機理研究提供重要的依據(jù)。
圖1. Pst基因組雜合區(qū)域通過對Pst-CY32 Illumina測序組裝結(jié)果與Sanger測序結(jié)果進行校正，發(fā)現(xiàn)雜合區(qū)域；將重測序結(jié)果與Pst-CY32參考基因組比對，檢測SNP和SNV變異
圖2. 7株P(guān)st菌株相互關(guān)系分析a, 根據(jù)不同菌株毒力大小對17個菌株，7個隔離群進行熱圖分析；b, 根據(jù)SNP分析結(jié)果分析7個菌群間的進化關(guān)系
DNA樣本
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樣本類型 |
總量 |
濃度 |
完整性（膠圖） |
純度 |
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基因組DNA |
1 μg |
12.5 ng/μl |
主峰＞20Kb |
無蛋白，RNA/鹽離子等污染，樣本無色透明不粘稠 |
