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長鏈非編碼 RNA 測序
LncRNA高通量測序，采用去核糖體鏈特異性建庫方法，對長鏈非編碼 RNA、mRNA 、環狀RNA等大RNA進行測序研究，從而快速全面準確地獲得與特定生物學過程（例如發育、疾病等）所有大RNA轉錄本數據信息，可應用于細胞分化和發育的研究、調控機理的研究、疾病標志物的尋找、疾病的分子診斷、基因藥物的研發等。
產品優勢
1. 超高的技術穩定性
同一樣本重復建庫相關性Pearson值大于0.993；
2. 豐富的項目經驗
已完成萬例lncRNA項目，涉及人鼠及動植物物種；
3. 精湛的技術工藝
可承接人、鼠、動植物樣品，外泌體、FFPE等，樣品起始量低至10ng；
4. Dr.Tom多組學數據挖掘系統交付，分析無憂
一次測序即可獲得mRNA、lncRNA、circRNA及關聯數據分析結果；
10大數據庫注釋，多維度結果圖片展示，數據圖表循環挖掘；
ceRNA、蛋白、共表達、關鍵驅動基因互作網絡分析可視化；
系統隨時更新文獻信息，查基因得文獻，便于文章撰寫；
5. 嚴格的質量管理
實驗全程采用全方位質控體系，應用質量管理體系金標準；
6. 貼心的售后支持
7*24小時全天候技術支持，快速響應客戶需求。
產品應用
1. 細胞分化和發育調控機理的研究
2. 疾病標志物的尋找
3. 疾病的分子診斷
4. 基因藥物的研發
信息分析內容
標準信息分析（circRNA僅限人、小鼠）
1、基本數據統計
① 去除接頭序列、低質量序列得到reads信息
② 樣品相關性
③ 表達量分布
④ RNA分類
2、參考基因組比對
3、lncRNA、mRNA、circRNA鑒定
4、lncRNA、mRNA、circRNA定量分析
5、lncRNA、mRNA差異表達分析（樣本間、組間）
6、lncRNA、mRNA表達/差異基因聚類
7、mRNA差異基因GO分類、富集
8、mRNA差異基因KEGG分類、富集
9、mRNA結構分析
① 可變剪切分析
② 融合基因分析（僅限人）
10、可選：如需circRNA差異表達分析與表達/差異基因聚類分析，可基于交付數據自行在Dr. Tom系統上操作
高級信息分析
（一）數據庫注釋
1、轉錄因子注釋（AnimalTFDB/PlantTFDB）
2、GSEA分析
3、Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro數據庫注釋
（二）互作網絡分析
1、靶基因分析
① miRNA-mRNA靶向關系分析
② lncRNA-mRNA靶向關系分析
2、蛋白互作網絡分析
3、共表達互作網絡分析
（三）特色分析
1、外部數據庫關聯分析（TCGA、ARCHS4）
2、關鍵驅動基因網絡圖分析
3、時間序列分析
案例一、植物鹽脅迫相關lncRNA——鹽脅迫lncRNA的鑒定與功能研究 [1]
文章題目：The long noncoding RNA LAL contributes to salinity tolerance by modulating LHCB1s' expression in Medicago truncatula
發表期刊：Communications Biology
發表時間：2024年
研究摘要：
長鏈非編碼RNA（lncRNA）在植物中非常豐富，然而它們在大多數生物學過程中的調控作用仍然不清楚，例如在對植物生產有害的鹽脅迫響應中。在這里，我們展示了在鹽處理的蒺藜苜蓿（Medicago truncatula）中鑒定的一個 lncRNA 對耐鹽性很重要。我們將這個 lncRNA 命名為 LAL，即對蒺藜苜蓿光合作用葉綠素a/b結合蛋白（MtLHCB）基因的反義長鏈非編碼 RNA。LAL 是位于染色體 6 上的四個連續MtLHCB 基因的反義鏈。在鹽處理的蒺藜苜蓿中，LAL 在早期被抑制，但后來被誘導；這一模式與四個 MtLHCBs 相反。lal 突變體顯示出增強的耐鹽性，而在 lal 背景下過表達 LAL 會破壞這種優越的耐鹽性，這表明其在鹽脅迫響應中的調控作用。通過在煙草葉片中瞬時共表達 LAL 和 MtLHCB1.4-GFP，進一步驗證了 LAL 對 MtLHCB1.4 的調控作用，在這一過程中鑒定了 MtLHCB1.4 的切割和干擾 RNA 的產生。這項工作展示了一個 lncRNA LAL，通過調節 MtLHCB1s 的表達，在蒺藜苜蓿中微調耐鹽性的作用。
結果展示：
圖1 長非編碼 RNA-LAL 在鹽脅迫、ABA（生長素）和 H2O2（過氧化氫）處理下的表達情況
案例二、腫瘤中的 lncRNA機制——長鏈非編碼RNA 衍生的肽段具有免疫原性 [2]
文章題目：Long non-coding RNA-derived peptides are immunogenic and drive a potent anti-tumour response
發表期刊：Nature Communications
發表時間：2023年
研究摘要：
蛋白質精氨酸甲基轉移酶 5（PRMT5）在多種癌癥中過度表達，其中主要的轉錄調控因子 E2F1 是一個重要的甲基化靶標。本研究探索了 PRMT5 和 E2F1 在調節非編碼基因組中的作用，并報道了對長鏈非編碼（lnc）RNA 基因表達的顯著影響。此外，許多與 MHC 類 I 蛋白相關的肽段來源于 lncRNA 基因中的小開放閱讀框。藥理學抑制 PRMT5 或調節 E2F1 水平可以定性改變腫瘤細胞展示的 lncRNA 衍生肽段抗原。當以體外負載的樹突狀細胞或從病毒載體中表達的方式呈現給免疫系統時，lncRNA 衍生的肽段可以驅動 CD8 T 淋巴細胞強大的抗原特異性反應，這導致腫瘤生長的顯著抑制。因此，lncRNA 基因編碼的免疫原性肽段可以作為癌癥疫苗使用。
主要研究結果：
圖2 HCT116細胞中lncRNA轉錄本的差異表達分析。
參考文獻：
[1] Zhao Y, Liu Y, Zhang F,et al. The long noncoding RNA LAL contributes to salinity tolerance by modulating LHCB1s' expression in Medicago truncatula. Commun Biol. 2024 Mar 8;7(1):289.
[2] Barczak W, Carr SM, Liu G, et al.Long non-coding RNA-derived peptides are immunogenic and drive a potent anti-tumour response. Nat Commun. 2023 Feb 25;14(1):1078.
圖1? lncRNA差異靶基因的聚類熱圖和KEGG功能富集圖
圖2? ?差異表達lncRNA與靶基因的蛋白互作和共表達互作網絡圖
鼠標指連接線，可以立即展示相關文獻信息
表1 lncRNA組織樣品送樣建議
組織類型 | 具體要求 |
新鮮培養細胞（細胞數） | ≥2×105 cells |
新鮮動物組織干重 | ≥25 mg |
新鮮植物組織干重 | 嫩葉、嫩莖≥100 mg， 根、果實、種子、花等 |
全血（哺乳動物） | ≥1 mL 全血分離的白細胞或 ≥1 mL PAXgene? Blood RNA Tube收集的全血 |
全血（非哺乳動物） | ≥0.1 mL 全血分離的白 |
FFPE | ≥5片，未染色，100 mm2，5-10 μm厚度 |
表2 lncRNA測序樣品判定標準
|
樣本類型 |
總量 |
濃度 |
RIN |
28S/18S |
|
Total RNA |
≥200 ng |
20-500 ng/μL |
RIN≥6.0 |
28S/18S≥1.0 |
|
(human/mouse/rat) |
||||
|
Total RNA
(Cell： |
≥200 ng |
20-500 ng/μL |
RIN≥7.0 |
28S/18S≥1.0 |
|
human/mouse/rat) |
||||
|
Total RNA (Plant) |
≥1
μg |
40 -1000 ng/μL |
RIN≥6.0 |
28S/18S≥1.0 |
|
Total RNA |
≥1 μg |
40 -1000 ng/μL |
RIN≥6.0 |
28S/18S≥1.0 |
|
(Animal) |
||||
|
Total RNA
(Insect) |
≥1 μg |
40 -1000 ng/μL |
RIN≥6.0 |
N/A |
|
FFPE RNA |
≥200 ng |
70-500 ng/μL |
RIN≥2.0 |
DV200≥45% |
*備注：
（1）基線和5S：基線平整，5S 峰正常
（2）純度：無 DNA，蛋白/ 鹽離子等污染， 樣本無色透明 不粘稠，細胞樣本無 16S 和 23S 峰。
Q1：什么是長鏈非編碼RNA？以及它們的作用？
哺乳動物基因組序列的約5%～10%被穩定轉錄，蛋白質編碼基因僅約占1%，其余4%～9%的序列都轉錄為非編碼RNA。而非編碼RNA(non-coding RNA) 是指不能翻譯為蛋白的功能性RNA分子。長鏈非編碼RNA為這4%～9%中長度大于200nt的非編碼RNA。它們的作用主要體現在四個方面：第一，影響周邊基因的表達；第二，調控蛋白質活動及定位；第三，產生小分子RNA；第四，對其他RNA的調控作用[1]。
Q2：長鏈非編碼RNA的建庫方案是什么？
長鏈非編碼RNA建庫主要采用去除rRNA，構建鏈特異性文庫，目前建庫比較穩定。適用于人、鼠、動植物等物種。
Q3：長鏈非編碼RNA主要簽約風險有哪些？
rRNA去除效率不穩定，rRNA比例可能較高；只去除rRNA較適用于有良好參考基因組的項目，后續可以通過比對區分編碼和非編碼序列。
Q4：在信息分析中主要運用到的軟件有哪些？
Tophat和Cufflinks（構建轉錄本），Infernal（家族分類），CPC（對轉錄本編碼能力進行預測），Blast（比對），SOAP（過濾實驗中未去除干凈的rRNA，及lncRNA表達定量比對）。
Q5：長鏈非編碼RNA建庫測序結果可以用于分析環狀RNA嗎？
可以，長鏈非編碼RNA建庫模式采用去核糖體方式建庫，對所獲得的RNA進行打斷測序，相當于獲得全部RNA，即可以進行分析環狀RNA表達情況，可應用于分析各物種環狀RNA表達譜。
Q6：LncRNA測序數據中mRNA的定量效果如何？
人標品：已知mRNA定量與qPCR定量斯皮爾曼系數達到0.88。
